IMPACT SUR L'ANIMAL
La sonde électronique est un faisceau de 5 à 10 nm qui doit être le plus fin et le plus droit possible. C'est pourquoi l'opération se passe dans un vide ultra poussé. L'énergie cinétique produite par le faisceau atteint l'échantillon, le pénètre et se transforme en énergie thermique. Cette dernière, souvent à très haute température, peut griller l'objet.
Il faut donc procéder avant l'opération, à la métallisation qui va alors servir de protection. On peut aussi ajouter un vernis d'argent entre la bête et le support afin d'éviter que ce dernier ne se charge et ne dévie le faisceau, le courant produit étant détourné vers la masse de l'appareil.
Enfin, le résultat sur l'écran s'obtient à partir d'une émission rayonnante d'énergie libérée du corps de l'échantillon. Il en existe trois sortes :
A l'écran, les différences de niveaux de gris sont caractéristiques de l'atome touché : on obtient une image claire, si son numéro atomique est fort, une image sombre, si son numéro atomique est faible.