Lors de l'analyse d'un échantillon E, un échantillon témoin T préalablement analysé, va servir aux rectifications des mesures, pouvant être faussées par l'effet de matrice (ex: absorption des rayons X par l'air). En effet, avant l'analyse de E, on va d'abord analyser T. S'il existe des différences avec les mesures de référence, les rectifications qui se feront automatiquement sur T, se feront aussi sur E après son analyse pour obtenir un résultat très précis. L'effet matrice varie avec l'élément étudié donc il est nécessaire d'analyser un même élément sur l'ensemble des échantillons puis un autre élément et ainsi de suite.